Το πρώτο Διοικητικό Συμβούλιο της Ε.Φ.Α. αποτελείτο από τους Μ. Ανδρόνικο, Ό. Κυριακό, Θ. Κουρουσόπουλο, Α. Ρούφου, Α. Τζάρτζανο, Έ. Τουλούπα και Κ. Χατζηασλάνη. Πρόεδρος εξελέγη ο Θ. Κουρουσόπουλος, ο οποίος παρέμεινε μέχρι το 1995. Έκτοτε Πρόεδροι της Ένωσης διετέλεσαν οι Φαίδων Στράτος (1995-2004), Μανώλης Νειάδας (2004-2010), Γεώργιος Η. Κριμπάς (2010-2022) και ο Πρέσβης ε.τ., κ. Γεώργιος Σαββαΐδης (2022-2025).
ΤΟ ΣΗΜΕΡΙΝΟ ΔΙΟΙΚΗΤΙΚΟ ΣΥΜΒΟΥΛΙΟ (2025-2028) ΕΙΝΑΙ:
ΔΙΑΜΕΣΗΣ ΜΙΧΑΗΛ-ΧΡΗΣΤΟΣ, Πρόεδρος
ΜΑΛΛΟΥΧΟΥ – TUFANO ΦΑΝΗ, Αντιπρόεδρος
ΜΑΛΙΚΟΥΡΤΗ ANNA, Γενική Γραμματέας
ΚΑΪΜΑΡΑ ΕΙΡΗΝΗ, Αναπληρώτρια Γενική Γραμματέας
ΙΩΑΝΝΙΔΟΥ ΜΑΡΙΑ, Ταμίας
ΧΑΤΖΗΑΣΛΑΝΗ ΚΟΡΝΗΛΙΑ, Μέλος
ΠΑΠΑΓΡΗΓΟΡΑΚΗ ΑΛΚΗΣΤΙΣ, Μέλος
ΣΠΥΡΟΠΟΥΛΟΥ ΕΦΗ, Μέλος
ΚΟΝΤΕΛΛΗ ΑΡΙΑΝ, Αναπληρωματικό Μέλος
ΜΙΜΙΚΟΣ ΔΗΜΗΤΡΙΟΣ, Αναπληρωματικό Μέλος
ΚΟΥΝΤΟΥΡΗ ΕΛΕΝΑ, ex officio Μέλος (Αναπληρώτρια Προϊσταμένη της Εφορείας Αρχαιοτήτων Πόλης Αθηνών)
ΕΛΕΓΚΤΙΚΗ ΕΠΙΤΡΟΠΗ
ΑΠΟΣΤΟΛΙΔΗΣ ΧΡΗΣΤΟΣ, Πρόεδρος
ΜΠΙΛΗΣ ΔΗΜΗΤΡΙΟΣ, Μέλος
ΛΕΟΝΤΗ ΑΣΗΜΙΝΑ, Μέλος
ΧΑΡΑΛΑΜΠΙΔΗΣ ΣΤΕΦΑΝΟΣ, Αναπληρωματικό Μέλος
ΦΥΤΟΣ ΜΗΝΑΣ, Αναπληρωματικό Μέλος