Το πρώτο Διοικητικό Συμβούλιο της Ε.Φ.Α. αποτελείτο από τους Μ. Ανδρόνικο, Ό. Κυριακό, Θ. Κουρουσόπουλο, Α. Ρούφου, Α. Τζάρτζανο, Έ. Τουλούπα και Κ. Χατζηασλάνη. Πρόεδρος εξελέγη ο Θ. Κουρουσόπουλος, ο οποίος παρέμεινε μέχρι το 1995. Έκτοτε Πρόεδροι της Ένωσης διετέλεσαν οι Φαίδων Στράτος (1995-2004), Μανώλης Νειάδας (2004-2010) και από το 2010 ο Γεώργιος Η. Κριμπάς.
Το σημερινό Διοικητικό Συμβούλιο (2022-2025) είναι:
ΠΡΟΕΔΡΟΣ: Γεώργιος Σαββαϊδης
ΑΝΤΙΠΡΟΕΔΡΟΣ: Φανή Μαλλούχου-Tufano
ΓΕΝ. ΓΡΑΜΜΑΤΕΑΣ: Άννα Μαλικούρτη
ΑΝΑΠΛΗΡΩΤΡΙΑ ΓΕΝ. ΓΡΑΜΜΑΤΕΑΣ: Ειρήνη Καϊμάρα
ΤΑΜΙΑΣ: Μαρία Ιωαννίδου
ΜΕΛΗ: Κορνηλία Χατζηασλάνη, Κοντέλλη Αριάν, Έφη Σπυροπούλου, Έλενα Κουντούρη ex officio Μέλος - (Αναπληρώτρια Προϊσταμένη της Εφορείας Αρχαιοτήτων Πόλης Αθηνών)
ΑΝΑΠΛΗΡΩΜΑΤΙΚΑ ΜΕΛΗ: Μηνάς Φύτος, Δημήτριος Μιμίκος
ΕΛΕΓΚΤΙΚΗ ΕΠΙΤΡΟΠΗ
ΧΡΗΣΤΟΣ ΑΠΟΣΤΟΛΙΔΗΣ, Πρόεδρος
ΜΠΙΛΗΣ ΔΗΜΗΤΡΙΟΣ, Μέλος
ΠΑΠΑΓΡΗΓΟΡΑΚΗ ΑΛΚΗΣΤΙΣ, Μέλος
ΛΕΟΝΤΗ ΑΣΗΜΙΝΑ, Αναπληρωματικό Μέλος
ΧΑΡΑΛΑΜΠΙΔΗΣ ΣΤΕΦΑΝΟΣ, Αναπληρωματικό Μέλος